儿童疱疹性咽峡炎会有高热、咽痛、口腔有疱疹和溃疡、流口水、厌食、呕吐等症状。同时咽部充血，在咽腭弓、软腭、悬雍垂的黏膜上可见数个至数十个2～4mm大小灰白色的疱疹，周围有红晕，表面覆有淡黄色或白色假膜。疱疹也可发生于口腔的其他部位。可有颌下淋巴结肿大伴有压痛。
一般情况下，儿童病毒性疱疹性咽峡炎的治疗方法是雾化吸入、口服中成药等。
首先是应用干扰素进行雾化吸入治疗。干扰素具有明显的抗病毒作用，雾化又是属于局部的治疗途径，从而既能起到良好的效果，还可以给儿童口服抗病毒的中成药。比如，可以给孩子应用蒲地蓝消炎口服液或者蓝芩口服液，银黄颗粒等中成药，治疗期间饮食以温凉流质为主，禁食过烫、刺激性、硬的食物，同时配合蔬菜汁
疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
饮食方面应该以营养丰富，清淡容易消化的流质，半流质食物为原则，食物以温凉为宜，不进食过热，过酸，过甜，过咸或甜粘食品。如果疼痛严重导致不能进食，可以使用静脉营养补液。
儿童疱疹性咽峡炎是常见的一种病毒性咽炎，属于特殊类型的上呼吸道感染，主要的表现为临床表现为高热、咽痛、流涎、厌食、呕吐等，由于本病大多是病毒性感染，可以不用吃抗生素类药物，可以吃些清热解毒的药物。
疱疹性咽峡炎这是一种急性传染性，发热性疾病，是由许多A组柯萨奇病毒，偶尔也有其他肠道病毒所引起，其特点为疱疹性溃疡性粘膜损害。该病有流行趋势，常见于婴幼儿。临床特征为骤起高热伴有咽喉痛、头痛、厌食、并常有颈、腹和四肢疼痛。在婴儿常发生呕吐和惊厥。