偶有上腹部不适、恶心、口干、嗜睡、心悸，但都能耐受，停药后自然消失。对本品成份过敏者禁用；哮喘危象，活动性消化性溃疡，严重心血管疾病禁用。患有心脏病、高血压、甲亢、慢性阻塞性肺病、肝病、青光、排尿困难着及高龄者遵医嘱服用。
复方甲氧那明用于治疗支气管哮喘。服药后可能会有上腹部不适，恶心口干心慌心悸等不良反应。但一般都能耐受，停药后可以消失。长期应用此药物，可能会出现茶碱类药物的毒性反应。药物具有兴奋心脏的作用，所以患有心脏病高血压甲亢患者慎用。与其他叫感性支气管扩张药物合用，不良反应会明显增强。
复方甲氧那明胶囊如果副作用太大，可以更换药物，对于出现的症状对症治疗即可。通常如果喘息症状比较明显，可以更换为氨溴特罗或者丙卡特罗，同时要雾化支气管舒张剂及吸入用激素，通常选择特布他林、沙丁胺醇联合丙酸倍氯米松。长期反复发作，还需要口服白三烯受体阻滞剂，通常使用孟鲁司特。喘息大多由过敏诱发，所以一定要规避过敏原。
复方甲氧那明胶囊可抑制支气管痉挛，含有那可丁为外周止咳药，可抑制咳嗽，可抑制支气管痉挛和支气管黏膜肿胀。具有抗组胺作用，可抑制呼吸道炎症引起的咳嗽。对于支气管哮喘和喘息性支气管炎具有一定的效果，可缓解症状。
在哺乳期、有严重的心血管疾病及哮喘病史患者禁用。复方甲氧那明胶囊主要用于支气管哮喘或喘息性支气管炎，以及其他呼吸系统疾病引起的咳嗽、咳痰、喘息、呼吸困难等症状。
吃一周到半个月左右，主要是治疗慢性支气管哮喘的药物。主要是通过缓解气道的反应性，用于支气管哮喘、喘息性支气管炎，以及其他呼吸系统疾病引起的咳嗽、咳痰、喘息等。