胰岛细胞抗体有90%都是出现在胰岛细胞抗体，对病情具有一定的诊断价值，适合从未使用过外源性胰岛素的病人，一般可体检出与胰岛素相结合的自身抗体。抗胰岛素自身抗体的出现与I型糖尿病有一定的关系。
甲状腺自身抗体三项包括抗甲状腺过氧化物酶抗体、抗甲状腺球蛋白抗体以及促甲状腺受体抗体。抗甲状腺过氧化酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体，主要是诊断自身免疫性甲状腺炎，也就是桥本式甲状腺炎的重要指标。
糖尿病自身抗体三项主要是指抗胰岛素自身抗体，胰岛细胞抗体及谷氨酸脱羧酶抗体。这三种抗体是特异性诊断一型糖尿病的依据，因为一型糖尿病主要是由于胰岛b细胞受到了自身免疫的攻击，其中抗胰岛素自身抗体和胰岛细胞抗体，是证明体内发生了自身免疫效应。
甲状腺抗体是免疫系统对甲状腺自身成分产生的自身抗体，经常测定的包括甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体和促甲状腺激素受体抗体。
在甲状腺激素生产过程中，甲状腺需要使用甲状腺球蛋白作为生产线，碘有机化合成甲状腺激素也需要甲状腺微粒体。免疫系统如果不认识甲状腺球蛋白和甲状腺微粒体，就会自认为是敌人而发生反应，通过自身免疫反应产生自身抗体。
自身抗体属于抗核抗体的其中一种，如果自身抗体阳性，并且达到一定滴度可以反映系统性红斑狼疮的活动度，这个抗体可以在诊断系统性红斑狼疮中具有很高的特异性，因此自身抗体阳性对于辅助诊断系统性红斑狼疮具有一定的临床意义，红斑狼疮是一种典型的自身免疫性结缔组织病，对机体的危害非常大，尤其是可以引起出血性肺泡炎，狼疮性脑炎，急性肾功能不全，因此需要积极的治疗，否则也会危及生命的。
甲状腺的两种抗体通常是指甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体。
甲状腺两抗体高提示患者患有桥本甲状腺炎，即慢性淋巴细胞性甲状腺炎，甲状腺慢性炎症较常见，尤其容易发生在女性身上。桥本炎容易导致甲状腺功能下降，需要定期检查甲状腺功能。如果甲状腺功能正常，不需要特殊处理，定期观察即可。甲状腺功能减退，需服用甲状腺激素治疗，日常生活中注意低碘饮食。甲状腺两抗体高代表桥本甲状腺炎，需定期检测甲状腺功能，甲状腺功能正常方可处理。如果发现甲状腺功能下降，应给予甲状腺激素替代治疗。