甲状腺囊肿的治疗方法因情况而异：
1、囊肿较小，无症状者，建议患者观察、随访即可，每年复查超声及甲功观察囊性肿物变化。
2、但出现囊肿大、压迫症状，如气管移位、患者呼吸不畅等症状，可尝试手术治疗。当然，部分医院尝试囊肿穿刺抽吸囊液，这种治疗方式效果不太肯定，且复发率相对较高。
3、如果囊性肿瘤是囊性的，而不是纯囊性的，这将引起一定的重视。此时，应观察囊性肿瘤的实性成分、大小及形态。尤其是有一定恶性超声表现时，需进一步检测，治疗可能需要手术干预。
甲状腺囊肿是一种地方性流行疾病，主要由于缺碘，引起甲状腺增生肿大出现甲状腺囊肿，退行性病变，甲状腺囊肿有时也是因为体内肝火旺胜，或情志内伤，肝气因郁闷成结从而引发了甲状腺疾病。
甲状腺囊肿、是细菌感染局组织异常增所致、吃药打针效果不佳。去医院外科、内分泌科进一步检查。做甲状腺囊肿切术。抗感染、抗消炎。甲状腺囊肿需要挂内分泌科检查，做甲状腺B超和甲状腺功能检查，在医生指导下处理，必要时手术治疗。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润可观察或中医及内科治疗；
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎建议给予内分泌治疗；
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染防止甲状腺脓肿发生；
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状建议及时治疗手术；
5、射频治疗是一种新的治疗方式可以作为方案的替代但不建议。
甲状腺囊肿有的可能会自愈。
甲状腺为单纯囊肿，如2-3mm，甚至1mm等很小时，经过一段时间复查后，可发现不进行治疗，甲状腺囊肿也会消失，之后可能也不再出现。但甲状腺囊肿较大时，完全消失的可能性就小，囊肿可能会变小，但不容易完全消失。因此，甲状腺囊肿是否能自愈不能一概而论，小的单纯囊肿可能自愈。甲状腺囊肿一定要根据情况进行具体分析，不要自行处理，需要去医院就诊，向医生寻求最佳建议。
甲状腺囊肿是甲状腺结节囊性表现，对于甲状腺纯囊性肿瘤，实际上良性恶性可能性非常低。其治疗因情况而异：
1、囊肿较小，无症状者，建议患者观察、随访即可，每年复查超声及甲功观察囊性肿物变化；
2、但出现囊肿大、压迫症状，如气管移位、患者呼吸不畅等症状，可尝试手术治疗。当然，部分医院尝试囊肿穿刺抽吸囊液，这种治疗方式效果不太肯定，且复发率相对较高。这种治疗还在讨论中，效果不太肯定；
3、如果囊性肿瘤是囊性的，而不是纯囊性的，这将引起一定的重视。此时，应观察囊性肿瘤的实性成分、大小及形态。