亚急性甲状腺炎有多种治疗措施，包括硫脲类药、促甲状腺激素及抑制剂量的甲状腺激素。采用这些药物影响疾病过程的证据，尚不能令人认同。对本病无特殊治疗。肾上腺糖类皮质激素对本病有显著效果，用药1～2天内发热和甲状腺疼痛往往迅速缓解，一周后甲状腺常显著缩小。
若亚急性甲状腺炎症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。
亚急性甲状腺炎属于巨细胞性甲状腺炎的范畴，常继发病毒性上呼吸道感染。由于发病急，所以往往没有明确的诊断方法和治疗措施，在确诊之后会出现一系列严重的并发症，比如高热惊厥，呼吸困难等。若症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。第一，要积极参加体育锻炼，能做运动、跑，可进行太极锻炼，这些锻炼可提高病人免疫能力，从而能够提高病人抗病能力，具有显着抑制亚急性甲状腺炎病症扩大作用。另外应该加强休息，保证充足睡眠，保持心情舒畅，不要过于紧张焦虑，以免导致病情加重。也可注意膳食，食用鲜虾、鸡蛋等优质蛋白，也可多吃含维生素较高水果，忌些高油腻，高脂肪类食品，透过上述的饮食，也有锻炼的机会，亚急性甲状腺炎通常可以自愈。
亚急性甲状腺炎治疗方法应结合患者的具体情况而定，并且患者病情存在个体化的状况，并非所有病人所呈现之症状均一致。
要选择合适的药物来进行辅助治疗，这样才能更好地提高疗效，减少不良反应的发生几率。许多病人就是反应不一样，例如，有些病人颈部疼痛非常明显，部分病人颈部疼痛较轻，但当颈部疼痛显著时或较轻颈部疼痛时均需优先选用非甾体抗炎药进行止疼、消炎治疗，只有当非甾体类抗炎药不能控制病人颈部疼痛的情况时，才能考虑适当增加激素治疗。
一般情况下，亚急性甲状腺炎可以通过日常护理、使用药物等方式进行治疗，具体内容如下：
亚急性甲亢是一种自限性的病症，哈尊和平时注意保暖，避免感冒。少数病人出现了明显的临床表现、炎症面积比较大，如果出现了明显的症状，可以通过一些药物来进行治疗，以防止出现长期炎症。可以口服阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等非甾体抗炎药物。如果疼痛剧烈、高热不能减轻，或炎症范围扩大，可以服用糖皮质激素，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。