治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
甲状腺炎是以炎症为主要表现的一种甲状腺疾病，临床上包括感染性和非感染性。对于感染性的甲状腺炎，多数是由于细菌、病毒导致的，这种感染性的甲状腺炎，治疗以抗炎、抗病毒为主。
甲状腺炎好治疗。
急性化脓性甲状腺炎等，系细菌感染所致，需抗细菌治疗；甲状腺腺瘤为良性肿瘤，一般不用抗菌素治疗，但也有一些病人可以应用抗生素进行辅助治疗。亚急性甲状腺炎的病因为病毒感染，轻度对症处理，严重患者使用激素治疗；甲状腺腺瘤为良性疾病，一般不需手术治疗。慢性甲状腺炎分3个时期，即甲亢时期、稳定期与甲减期，甲减期需使用优甲乐代替治疗，其它不需处理。甲状腺功能亢进患者容易出现并发症。因此甲状腺炎是好治的。
甲状腺炎该不该治，要诊断究竟是何种甲状腺炎，各种甲状腺炎，处理方法及处理后病情不一。以及甲状腺炎能不能治好，还要根据甲状腺炎的情况、具体种类来决定。
对于慢性的甲状腺炎来说，一般都属于亚临床型的甲状腺结节或者是良性病变。如亚急性甲状腺炎，病人这种病有其自限性，一般都能痊愈，但最后甲状腺功能还可能留下永久性甲减，但例数较少，这可能是百分之5%至10%的比例。对于慢性甲状腺肿块，这种病症属于亚临床甲状腺炎的范畴。如自身免疫性甲状腺炎等，有的最后发展到甲减，需终身甲状腺激素替代治疗。
桥本氏甲状腺炎的病人应到内分泌科进行规范的求诊。
桥本氏甲状腺炎为内分泌科较为多见的甲状腺自身免疫性疾病之一，由遗传因素与环境因素交互作用而形成，具有一定家族聚集性，常见于妇女，故妇女激素可能和本病的发病有关。其临床特征多样，可能与甲状腺自身免疫过程相关的基因较多，其具体病因目前尚不十分明确，因此甲状腺炎目前尚无特异性治疗手段。
大多数病人无需处理，诊断后需随访观察。临床上存在甲减的患者主要是对甲状腺功能减退采用甲状腺激素的恰当替代治疗。