治疗口腔溃疡主要是使用促进愈合的药物，并且防止继发感染常用的药物有冰硼散，养阴生肌散，西瓜霜等。一般涂布于溃疡病损区，并且可以配合全身性用药，例如泼尼松，地塞米松，泼尼松龙等。同时可以使用提高免疫力的药物。
口腔溃疡中医治疗的方法可以通过中药或者针灸进行治疗，口腔溃疡，也就是指常说的口腔上火，中医认为：引起口腔溃疡的外因以热毒为主；内因多为情志内伤，饮食不节，房室劳倦所致。
口腔溃疡治疗主要是祛除病因、增强体质、对症治疗，坚持全身治疗与局部治疗相结合，心理治疗与生理治疗相结合。口腔溃疡的局部可以使用口腔喷雾剂或者药物局部适量的外用，同时要祛除口腔内的不良刺激因素。
快速治疗口腔溃疡的方法就是保持一个良好的口腔卫生习惯，每天按时刷牙漱口，不要因为溃疡的疼痛就不敢刷牙。使口腔内保持清洁，更加有利于口腔溃疡的恢复，另一方面还要保证良好的睡眠，不要过度劳累，不要熬夜，平时多吃新鲜的水果和绿色的蔬菜，不要抽烟喝酒。
临床所见口腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食、语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。其治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。