扁桃体结石的形成是由于扁桃体长期慢性炎症刺激，纤维组织粘连，隐窝口炎症或脱落上皮、菌落阻塞，形成潴留囊肿，扁桃体分泌物中钙盐沉积和组织钙化形成结石。扁桃体结石是一种罕见的营养不良性钙盐沉积。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。如果不注意刷牙漱口，不注意清理的情况下，容易得扁桃体结石。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体内部存留的脓栓反复排出引起。因为扁桃体内部存有6-20个隐窝，发生急性感染时，隐窝内可以由白细胞和细菌浓缩成脓栓。而在间歇期时，随着吞咽动作的挤压，扁桃体内部的脓栓会逐渐的排出，从而引起一系列的症状。注意口腔卫生，如餐后、睡前刷牙，使用漱口液漱口。也可以尝试扁桃体按摩的方式，促进脓栓的排出，但是远期疗效不是特别好。
是由慢性炎症刺激之后形成的，扁桃体的隐窝会有大量的细菌滋生，在进食的时候食物残渣残留在位置，被大量的细菌包裹，形成白色或者是黄白色的团块，也就是所说的扁桃体结石，随着体积的增大，会随着咳嗽而被排出体外，并且伴有一定的臭味。
