牙根黑，有可能是有牙结石。如果平时卫生习惯不太好，就会导致大量食物残渣在口腔内残留，软垢钙化，慢慢形成牙结石。平时吃的食物有一定的色素，色素沉积就会导致牙结石的颜色发黑。牙结石一般附着在牙齿与牙龈缝隙处，看起来就像牙根变黑了一样。另外也有可能是因为牙龈萎缩，导致牙齿根部暴露出来，出现了牙根发黑。
牙根黑有可能是牙根周围存在牙结石，或者是牙根出现了根面龋坏。牙根部的牙结石是由于牙周炎所引起，牙周炎局部会有很多的牙结石，牙结石向根方发展，覆盖在牙根表面，就会出现牙根变黑。在临床上通过龈下洁治、刮治、根面平整，可以将牙结石去除。如果是牙齿根部出现了根面龋坏，牙齿根部会有比较明显的凹陷，出现硬组织的缺损，是龋齿，需要进行充填治疗。
牙垢的累积引起的颜色变暗发黑，长期口腔卫生不好，大量细菌沉积在牙齿上，尤其是根部，形成特有的牙结石牙石长期刺激牙龈，一些平时有抽烟习惯，或是经常饮咖啡，浓茶的人，如果在平时没有注意及时清理口腔，久而久之牙齿上吸附的色素和牙垢就会慢慢在牙根处累积，慢慢地形成了暗黑色牙结石，给人一种牙根处发黑的视觉反应。
牙齿上有黑斑，有可能是龋齿形成的。龋齿俗称虫牙、蛀牙，是细菌性疾病，可以继发牙髓炎和根尖周炎。如不及时治疗，病变继续发展，形成龋洞，终至牙冠被完全破坏。细菌感染与蔗糖及碳水化合物饮食过多是主要的致病原因。
牙根痒可能是由于牙龈炎引起的，牙龈炎的早期表现就是牙根痒，由于食物残渣塞在牙缝里，引发了牙龈炎症。还有一种可能是牙周炎，牙齿表面附着的牙结石过多，刺激牙龈，导致牙龈发炎，红肿，甚至出血，严重的还会使牙齿松动、牙槽骨吸收。
牙周炎是一种比较普遍的慢性口腔疾患，其病因是牙菌斑和牙结石，一般都是根据龈缘位置来划分。
一般有龈上菌斑、结石、龈下菌斑和结石，齿龈上的牙结石是由于唾液中的钙、磷物质沉淀而形成的，而龈下的牙结石则是由于龈沟液中的钙、牙石一旦形成，会吸收到大量的食物，而长期抽烟的人，会导致牙齿发黄发黑，尤其是牙床萎缩之后，牙根裸露，这种情况会变得更严重，而且，牙根发黑，也有可能是因为龋齿，龋齿发展到了中龋和深龋，就会让龋洞的颜色变为黑色。牙周炎是一种比较常见的口腔疾病，需要及时到正规的医院做体检，尽早诊断。