牙根囊肿通过手术来进行治疗，手术的方案需要看囊肿的位置、大小确定。如果是在前牙区且囊肿比较小，先进行根管治疗，通过手术切开翻瓣暴露囊肿，进行囊肿切除，同时去除囊肿内的根尖部分。再进行倒根充和封闭根尖孔，防止囊肿复发。
口腔囊肿的保守疗法多通过消炎处理，平时注意口腔卫生，避免劳累。主要还是看囊肿的大小，如果说比较小，可以定期复查，观察有增大或者感染发炎，如果是比较大，那确实没什么药可以治疗，建议手术。
根尖囊肿是根尖周炎发展到后期而形成的囊肿，一般根尖周囊肿如果涉及到1个牙位或者2个牙位的，这种囊肿范围比较小，手术比较快，可以在牙龈局部浸润麻醉的情况下完成根尖囊肿的摘除术。
牙根囊肿不治疗容易出现反复炎症复发造成牙齿龋齿等不适的症状，还会影响咀嚼功能，口臭等不适的症状。需要尽快到正规医院的口腔科做囊肿的治疗，必要时还考虑拔牙，平时一定要养成良好的口腔卫生习惯，刷牙配合使用牙线继续刷，去除食物嵌塞的残渣。
牙根囊肿可以分为根尖肉芽肿，或者是颌骨囊肿。根尖肉芽肿是根尖周炎的进一步表现，其也有可能是由于颌骨上皮来源所引起的根尖囊肿。正常的牙根囊肿是因为根尖周炎在颌骨内扩散，所导致根尖周围的骨质吸收，并形成肉芽囊性组织。
如果是在前牙区且囊肿比较小，一进行根管治疗，然后通过手术切开翻瓣暴露囊肿，进行囊肿切除，同时去除囊肿内的根尖部分。再进行倒根充和封闭根尖孔，防止囊肿复发，也防止牙髓腔内再次感染。如果是残根引起的囊肿，或者囊肿比较大，已经无法保留引起囊肿的牙齿，需要在手术过程中拔除残根或者松动的牙齿，然后切除囊肿即可。