残留牙根不拔除会影响新牙的生长，同时还会滋生细菌造成感染引发牙疾病。牙齿剩下残根，牙齿的髓腔、根管就暴露于口腔的有菌环境之中，细菌可以通过根管而到达根尖，形成根尖周围炎，使牙齿成为病灶牙，引起口臭，身体抵抗力弱时，还可以引起全身的其它疾病，可以引起胃炎，严重的可以引起心脏病。残根继续发展，不断剌激粘膜，口腔粘膜甚至可能恶变，有形成口腔癌的可能。残根不能利用时，只有尽快拔除，才对身体有利。拔除后要在三个月时及时镶牙修复，以免造成牙间隙变大，或者两边的牙向缺牙处倾斜。
有危害，拔牙的时候容易出现牙根折断，造成残留，如果残留的牙根反复引起发炎，容易造成局部肿痛，甚至化脓，所以如果出现牙根残留，首先的方案就是要及早拔除。建议到医院口腔颌面外科就诊，局部麻醉下，使用根尖挺和根尖钳之类的器械，将残留的牙根及时地拔出来，以免以后反复引起发炎。
拔牙根残留看原先拔除的牙齿本身是否良好，很多情况下好牙也需要拔除，这是由于有的牙齿需要正畸、矫正或是成年以后长的智齿，有很多智齿通常是刚刚长出来，由于智齿周围牙龈的症状，需要拔除，这时牙齿是好的。
如果是牙齿没有根尖炎症，残留的断根小于两毫米，可以不用处理，必要时可以应用消炎药物预防感染。如果残根较大，大于两毫米，有根尖炎症，需要在光线充足的条件下，取出残根。如果残根接近上颌窦或者是下齿槽神经管，取出残根有一定的难度及风险。
牙根不拔，经过特殊的治疗以后，是可以镶牙的。牙根经过拍片以后，证实牙根有利用的价值，可以做根管治疗，利用制备好的根管可以做桩冠修复。或者做覆盖义齿修复，避免牙槽骨吸收。如果经过拍片显示，牙根没有利用的意义，需要拔除牙根，后期再做义齿修复。坚决杜绝在未经治疗的残根残冠上面镶牙，因为可能会出现牙根感染，导致黏膜脓肿或疼痛。
由于烂牙根内长期有感染或病原刺激物存在，根尖周围组织会呈现慢性炎症反应。根尖逐渐形成肉芽组织，根部的牙槽骨遭到破坏。由于根尖的肉芽组织内含有发育期留下的剩余上皮，当上皮团块中心缺氧时，上皮会发生坏死液化，进而形成囊腔，最终形成囊肿。所以当烂牙根不起作用的时候，要及时拔除，以免形成囊肿。在身体免疫力低下时烂牙根尖的致病细菌数量和毒力会增大,导致疼痛加剧,感染扩散到面部软组织间隙内,使面部肿胀、疼痛,还会引起菌血症。建议尽早去正规医院拔除，拔牙后勿用舌头舔触创口，更不宜反复吸吮，以防止出血，另外可以用生理盐水漱口，注意口腔卫生。