脑囊肿最佳治疗方法就是手术治疗，但是具体的还需要根据患者的情况而定，如果患者是属于比较轻微的蛛网膜囊肿，这种就不需要手术治疗，无论其大小或部位均都不需要治疗的，但是需要随时观察，如果情况属于严重的囊肿，就需要使用手术的方式使囊肿与周围脑池沟通。
体积较小不严重，体积大是严重的。脑囊肿的严重程度主要和大小和生长位置有关。体积较小没有不适这类脑囊肿是不严重的，脑囊肿体积比较大，有头痛、恶心、肢体功能障碍，严重者会出现癫痫，相对比较严重，需要手术治疗。
如果囊肿不是很大，并没有压迫到周围组织，这种头痛头晕的表现和这种脑囊肿本身没有太大关系的，如果说囊肿很大的话，那就需要进行手术治疗的，可以考虑通过微创手术的方法来进行治疗。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
脑囊肿吃什么药物效果都不好，也没有哪种药物可以治疗囊肿。应该积极治疗，否则随着囊肿的增大，会压迫颅内组织，出现一系列的精神神经症状，严重的甚至能够危及生命。只要治疗及时得当，术后调理的好，是能够完全治好的。