不手术的话会有很多后遗症的，首先神经系统会损害，会出现、语言反应迟钝、肢体瘫痪、吞咽异常困难、视神经萎缩导致失明、癫痫等症状。会有认知功能障碍，有痴呆、记忆力衰退。
痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、还有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；兴奋多动等精神状态及认知功能异常。
在急性期通过正规治疗，较少出现脑炎后遗症，多数患者预后较好。病情严重者可出现后遗症。根据脑组织损伤部位不同，临床表现多种多样，如痴呆、言语障碍、哭笑无常、多汗，以及癫痫发作，即反复抽搐。
精神异常：刚开始的时候表现为头痛、呕吐、嗜睡，有时候还会昏迷、惊厥、患儿的脑干、小脑等处会有异常的表现，当孩子出现类似的情况后一定要及时送往医院救治，这就可以防止病情的恶化。而且很可能是患儿的大脑局部畸形，所以才会表现出神经方面的异常。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
