尿有刺痛感、流脓需检查尿道口脓液，以确定引起尿道炎致病菌，以便选药处理。
若因大肠杆菌、淋球菌及其他感染所致，病人可口服头孢克肟分散片、头孢拉定胶囊等头孢类抗生素治疗。若由于支原体、衣原体感染所致，病人可口服如阿奇霉素、米诺环素大环内酯类抗生素治疗。
但是以上药物都需要在医生的指导下使用，以免损害身体。
前列腺炎会出现尿液刺痛的情况，要注意有没有泌尿系统感染。尿常规中有大量的白细胞，可以选择喹诺酮类抗生素，比如左氧氟沙星片等。如果患者的症状已经完全消失，需要进行尿常规检查，如果尿常规中的白细胞全部转成阴性，则说明治疗已经完成。
尿液刺痛是由于盆底神经受到了刺激，如果尿常规中没有白细胞的话。一般情况下，可以考虑前列腺炎有没有菌，需要配合抗生素进行治疗，而对于无菌性前列腺炎，可以选择阿尔法阻滞剂和中成药进行治疗。
下面脓尿刺痛多指女性阴道内或男性私处内有脓液，排尿刺痛，与泌尿系统感染有一定关系。在治疗时可选用抗菌药物进行治疗。
对多数感染，如头孢氨苄片、头孢克肟片等能起到较好的效果，或硝基咪唑类中甲硝唑片，替硝唑片等，和喹诺酮类左氧氟沙星片、诺氟沙星片与其他抗生素合用，能够起到较好的抗菌作用。
通常来说，肾结石小便刺痛可以吃以下药，具体分析如下：
患者可以服用排石颗粒或中药利湿通淋，也可以用八正散加减，多喝水，多运动，不能喝豆浆、豆汁、牛奶等，也不能吃含柠檬酸的食物，或者含草酸的食物。如果结石太大，可以通过超声碎石，或者输尿管镜取出，同时尿液刺痛伴尿频、尿急，尿常规检查是否存在泌尿道感染。
需要到医院泌尿外科就诊，做小便常规检查和泌尿系统B超检查。找到病因后遵医嘱用药。小便刺痛，考虑是尿路感染，但是也不能排除泌尿系统结石。确诊为尿路感染，要注意多喝水，多排尿，促进炎性物质及细菌微生物的排出，切勿憋尿，以免导致细菌逆行感染。