脑积水是复杂的疾病。因为对于脑积水的病因和病理机制目前仍然不是很清楚，病因治疗，也是最可靠的治疗方式。比如肿瘤引起来的梗阻性的脑积水，通过切除肿瘤，往往脑积水可以得到自行的缓解。
脑积水的原因比较多，有正常颅压脑积水、梗阻性脑积水、交通性脑积水。可能是脑脊液循环通路障碍，或者脑脊液分泌过多、吸收过少等各种原因导致。如果有梗阻，就要解除梗阻，看是不是占位性病变导致的梗阻，如果是占位性病变导致的梗阻就要去除。如果是正常颅压脑积水，就要做脑室腹腔分流手术，把脑脊液引流到腹腔，减轻这些症状。
脑积水通常就两种办法，一种是脑室腹腔分流，是比较传统而常用的办法，需要置入一套人工的分流管；第二种是脑室镜Ⅲ脑室造瘘术，比较新一点的办法，人体内不用放置人工的分流管，但不是所有的情况都适用。如果造瘘术不管用，还得用分流术。很多人似乎不喜欢脑室腹腔分流术。
如果是急性的脑积水，也就是说发病时间很短，即造成了严重的临床症状，甚至是昏迷的情况，这种事需要急诊下行钻孔引流手术进行治疗，这个时候需要进行钻孔引流手术，将颅内多余的脑积液引流出来，并且释放和减少他的压力，这样可以缓解临床症状，起到一种对症治疗的目的。
婴儿脑积水的症状，可以采取针灸治疗，效果很好，现在很多人也在使用，针灸治疗脑积水在中医中也有一定的疗效。根据中医辨证分型，肾阳虚证疗效好，脾肾阴虚证疗效差。从西医的分类来看，针灸治疗交通性脑积水疗效高，远期疗效更稳定，梗阻性脑积水疗效低，预后差。
中药疗法：进行辨证施治，其治疗原则是急则治其标，多祛湿利水，缓则治其本，温补脾肾是其关键；手术治疗，减少脑脊液形成，如采用侧脑室脉络丛切除或电灼术。主要用于交通性脑积水，特别在分流手术失败或不适合进行分流的患者。目前在内镜下进行电灼，可以明显减少手术并发症的发生。