采用多种及时有效的康复手段可以改善后遗症。比如有功能训练、肢体锻炼、语言训练、教育疗法、理疗等。现在有很多脑科专科医院，康复医院，还有很多医院的康复科都不错。
治疗脑炎后遗症可以到当地三甲医院的脑外科就诊。治疗疾病可以通过康复训练：认知功能训练、肢体锻炼、语言训练、心理干预、教育疗法、音乐疗法、理疗等。高压氧治疗。中医疗法：针灸治疗、穴位封闭、按摩推拿。
孩子的这主要取决于后遗症的类型、严重程度以及治疗是否及时有效等。建议家属保持平和心态，克服急于求成心理，营造一个有利于孩子康复的宽松环境，同时到正规医院康复中心就诊，在专业康复师的指导下制定功能训练计划，持之以恒的进行锻炼，尽量减轻其伤残程度，提高生存质量。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
脑炎后遗症的治疗首先需要给患者做退热处理，有效的做抗病毒治疗，脑炎后遗症患者还需加强护理，病程中应加强护理，防止褥疮发生。要供给一定的水分、营养及电解质。
抗病毒疗法：虽然目前尚无有效的抗病毒药物，可以提高机体对病毒的抵抗能力均可应用。营养治疗：合理的饮食调节是脑炎后遗症患者的辅助治疗要点，保证患者日常的均衡营养。