需要根据患者的发病原因采取针对性的治疗。一般是因为细菌或病毒感染造成的脑炎，需根据病原体采取抗染性治疗。如果是自身免疫引发的脑炎，应用激素或者免疫方法进行治疗。
脑炎分细菌性和病毒性，病毒性又分为，病毒性脑炎、化脓性脑炎、结核性脑炎、真菌性脑炎等，要根据诊断结果做出相应的检查，明确是哪种类型的脑炎，不同类型的脑炎，治疗方法不同要针对病因治疗才能最有效。
要注意个人饮食习惯，不要挑食，多吃蔬菜水果，戒吃辛辣、油炸、烟熏食物，不吃过酸、过冷等刺激强烈的食物，不饮酒，少饮浓茶、咖啡等。多吃素菜和粗纤维食物，注意睡眠时间，保持充足的睡眠，保持心情舒畅。在治疗期间不要接触一些细菌感染原，勤做检查，做好护理工作。
治疗脑炎后遗症可以到当地三甲医院的脑外科就诊。治疗疾病可以通过康复训练：认知功能训练、肢体锻炼、语言训练、心理干预、教育疗法、音乐疗法、理疗等。高压氧治疗。中医疗法：针灸治疗、穴位封闭、按摩推拿。
选择正规的医院或者是三级甲等医院，选择专业的医师，专业医师会对于不同的年龄，不同症状的患者采取不同的治疗方法。脑炎的治疗要针对病原体。病毒性脑炎要抗病毒。细菌性脑炎要抗炎。结核性的脑炎要抗结核。隐球菌性的抗真菌。此外要对症处理、防止并发症等。
