脑中风后遗症早期主要是通过急救减轻脑水肿、止血和疏通血管治疗，到后期主要是通过针灸、理疗、康复训练等治疗。如果经过3-5个月治疗仍不能好转，称之为脑中风后遗症。这些后遗症大多数难以完全恢复，通过锻炼有所改善。但是，新近有一种对脑梗死进行手术的办法，通过头皮的血管移位到脑表面，从而形成侧支循环，而达到恢复脑坏死细胞和脑功能，降低细胞的作用，效果不错，可以考虑使用。
如果是影响到了某些动脉相应的灌流区域，就会相应的出现缺血的症状，然后就会引起功能区域的一些功能发生缺损。比如有一些会遗留下肢体的偏瘫，有的患会遗留下语言功能方面的障碍，有些在精神的方面可能会出现一些异常，有些甚至会出现癫痫的发作等。
一般脑中风后遗症期的治疗方式应该是以现代中药为主，中药治疗对于脑中风后遗症这种慢性疾病，具有无耐药性、药效持久、且安全；有适合长期服用的优势，但缺点则是质量不稳定，服用剂量也大。
中风后遗症的自然疗法主要是在临床实践中使用天然药物和天然物品，并采用自然的方法来达到对学习、疾病治疗和身体健康的新认识。从本质上讲，自然疗法与中国的中医药制度相似。自然疗法是基于对自然、人类社会和人类生理、病理和健康的整体和辩证观点的理解。
治疗方法的选择、病情严重程度、会影响脑中风后遗症的治疗费用。中风后遗症的治疗费用是与很多因素都有关系的，脑中风后遗症的治疗费用也是一个难以确定的数字，不同的病人会有不同的治疗费用。
偏侧肢体活动不利、言语不利，可用疏通经络加醒脑开窍针刺手法治疗，严重者神志障碍，意识不清，部分出现二便失禁，选择补和泻的手法，如实二便闭、牙关紧急就采用泻，通其二便，然后针刺水沟也就人中，醒脑开窍，加上内关、三阴交等穴。