药物治疗和康复治疗。药物治疗主要是指针对脑萎缩，使用激活脑代谢功能的药物，主要是营养神经和脑保护剂，例如脑活素、神经节苷脂、脑苷肌肽。应该积极的针对患者采取康复治疗，包括高压氧康复、针灸康复和物理康复治疗，改善患者的认知功能和运动功能障碍。
脑萎缩主要行对症治疗，依据脑萎缩症状不同，对症使用相关药物。治疗原则为去除病因；激活脑代谢功能，间接抑制疾病的进展，激活处于抑制、沉睡状态的脑细胞，减少随脑萎缩而产生的各种症状及并发症的发生；维持残存的脑功能状态及改善生活质量。
脑萎缩以积极对症治疗及康复性治疗为主。临床疾病脑萎缩的治疗要去除病因，减少随脑萎缩而产生的各种症状及并发症，另外积极保护好残存的脑部神经组织功能状况，改善脑部组织神经功能，如改善认知功能障碍及行为功能障碍等。此类疾病如果存在，可能需要到一些正规康复性医院就诊，临床疾病的治疗检查保健还是听取经治医生。建议定期做临床健康检查，避免出现一些不良诱因，不要吃油腻高脂肪的食物，三餐规律，适当的多吃些五谷杂粮，新鲜的蔬菜和水果利于恢复。
治疗脑萎缩可以采取物理加中医的治疗方法，它是在中医的理论下结合现代化治疗仪器，共同作用的治疗方法，进一步促进恢复。饮食上应注意，应禁食辛、辣、腌、熏类是食物。平时应适当多吃些新鲜、含优质蛋白的食品、如乳类，肉类，蛋，鱼虾，蔬菜，水果，大豆等。
小儿脑萎缩治疗方法是药物和单细胞疗法。
儿童因为身体还没有完全发育，所以在临床上可以服用营养神经、缓解病情发展的药剂，以防止药品对其生长造成不良的影响，所以在临床上可以服用叶酸、维生素B12、谷维素、神经生长因子等。对于小儿脑部萎缩的最佳治疗方案是以单细胞疗法为主，对于儿童的小脑部萎缩，其效果良好，并且安全可靠。
