可以适当输液一些活血化瘀，营养神经的药物。如小牛血，丹参，天麻，舒血宁等，定期复查，还可以口服药物配合治疗，平时可以适当户外运动，强身健体，促进血液循环。根据病情的严重程度采取溶栓治疗，低盐低脂饮食，多吃蔬菜及水果。
脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。
脑干梗塞是最严重的脑梗塞，严重时会有生命危险。在急性期行溶栓，抗凝，抗血小板聚集，降颅压，减轻脑水肿，扩张血管，改善微循环，营养脑细胞，吸氧，维持生命体征。昏迷患者要做好呼吸道清洁、吸痰、做好护理、经常翻身拍背、做被动的肢体活动，预防肺部感染、下肢血栓形成、褥疮等并发症。在病情稳定后，要积极进行康复训练，以促进其各项功能的恢复。在日常生活中要注意控制脑梗塞的危险因素，避免再次发生。
主要应用血栓通等活血药，配合阿司匹林等抗血栓药物，配合针灸理疗及康复锻炼。高血压应积极治疗脑梗塞，尤其是有腔隙性梗塞史者，需防止复发，注意压力不宜过快或过低。急性期原则是尽快改善脑缺血区血液循环，促进神经功能恢复。
小脑脑干梗塞属于后循环梗死，可以采用药物抗血小板聚集治疗，口服或者是静滴改善脑代谢类的药物，也可辩证使用中医中药治疗。还需要结合病人的血管情况、病灶的大小、血压情况来进行血压的调控。
脑干急性脑梗塞可以通过以下方式进行治疗：
脑干急性梗死，通常会有较重的表现。大动脉阻塞会造成梗阻，造成患者的生命危险，因此必须要进行有效的处理。在早期，达到了溶栓指征，可以采用阿替普酶进行溶栓，使其重新开放。也可以通过做脑血管造影来明确脑血管的狭窄位置，通过血管内介入治疗，或是通过外科手术来减轻症状。可以口服阿托伐他汀和阿斯匹林肠溶片。