抽脑脊液的风险，需要根据具体的病情进行判断。
有一些特殊的病例，如颅内高压，特别是后颅窝型的高压，以及小脑扁桃体下疝，如果是腰穿，就会出现大量的引流量，这就是枕骨大孔疝。枕骨大孔疝是一种致命的疾病，一种是颅内肿瘤，它的颅内压升高的时间比较长，一次腰穿，释放了几毫升，就会导致脑疝。另外，虽然腰穿的次数很少，但是如果重复使用，就会导致脑脊液的感染，如果不控制的话，危险也是较大的。
目前使用的脑脊液检查方法以腰椎穿刺为主，有一定风险。
1.通常在脑脊液检查时，因提取脑脊液导致颅压降低，可引起一过性头痛，这时可嘱咐病人绝对平卧8小时以缓解不适感。
2.此外，脑脊液检查之后，病人可有颅内感染的危险。颅内感染发生后，需要及早抗感染治疗以避免感染继续蔓延，避免对脑组织产生不可逆转的损害。
脑脊液用于检查脑炎，主要是腰椎穿刺。它经常被用来检查脑积液的性质。一般它最适合于髂后脊柱和后中线的连接处。当局部注射麻醉药品被刺穿时会有一点疼痛，但一般病人可以忍受。手术后的病人躺在枕头上休息4-6个小时，以避免手术后引起头痛。
通常情况下，腰穿脑脊液查颅内压是否升高、中枢神经系统感染、蛛网膜下腔出血等。
脑脊液是存在于脑室及蛛网膜下腔的一种无色透明的液体，比重为1.005，总量为130～150ml，平均每日产生量为524ml，通常包围并支持着整个脑及脊髓，有效地使脑的重量作用减少至1/6，对外伤起一定的保护作用。而腰穿脑脊液，一般是查颅内压是否升高、中枢神经系统感染、蛛网膜下腔出血等。
腰穿抽脑脊液的注意事项有很多。首先要进行头颅CT扫描，已经排除无定位体征的脑出血，比如脑叶出血、小脑出血、脑室出血等。其次腰穿抽脑脊液要绝对无细菌操作，动作要轻柔，不要过度用力挪动患者的身体。还有就是手术前30分钟到一个小时，可以先脱水治疗，然后放脑脊液，放液的时候速度要慢，量要少。如果放入少量脑脊液之后，症状有了改善，可以每隔4-5天重复一次。
一般情况下，脑脊液生化检查以下内容：
脑脊液的生化检测包括脑脊髓液中蛋白含量、糖含量、氯化物含量等。在这些因素中，糖分和蛋白质含量是一个比较关键的参数。大多数的脑炎、脑膜炎等都会导致脑脊液中的糖水平下降；但是也有一些特定的疾病，比如病毒性脑膜炎等，可以引起脑脊液中的白细胞和蛋白质数值增高，但是糖份的浓度还在正常范围之内。