停经45天B超没有发现孕囊一般有三种可能。一种可能是其实没有怀孕。如果患者怀疑自己怀孕了，可以做人绒毛膜促性腺激素的测定。第二种可能是怀孕的时间比较短。正常情况下怀孕35天能在B超上见到孕囊。如果怀孕的时间比较短，在停经45天时B超没有见到孕囊是正常的。第三种可能是宫外孕。一般是孕囊种植在子宫体腔以外，不容易被发现。如果是在通过抽血检查确定怀孕的情况下，可以一周以后再次复查超声。。
如果平时月经推迟，排卵期一般也会推迟，虽然停经45天，但实际怀孕没有这么久，如果已经确定怀孕，而且平时月经周期规律，宫腔内没有见孕囊，不排除宫外孕的可能性，已经确定怀孕，而且也排除宫外孕，有可能是生化妊娠的可能性。
精神状态方面的因素导致的月经推迟。如果骤然出现精神状态过度紧张，悲愤，忧伤，气恼，失恋等不正常情绪，往往会导致月经推迟，服用某些药物导致的月经推迟。都可以出现月经紊乱，还有就是要排除早孕的问题，排除因素，月经十天，没来，要去做内分泌的检查，做妇科超声。
如果月经延迟超过七天，要去排除早孕的问题，化验人绒毛膜促性腺激素水平明显高于正常值，说明怀孕，还有就是外界因素的影响，比如压力过大，休息不好，生活环境发生变化等原因，都可以导致月经紊乱，那么考虑是内分泌紊乱，需要做性激素水平的检测，然后内分泌治疗。
停经43天，B超未见妊娠囊可能是月经周期比较长，假如35天左右一次月经，这个时间就不可能看见妊娠囊。另外也可能是宫外孕，宫外孕坐胎坐在了腹腔里，所以B超就不可能看见宫内有妊娠囊。