卵巢囊肿手术的要是通过腹腔镜手术痛苦会相对减少很多，不会很痛苦的不要过于担心。不过得了卵巢囊肿之后不能盲目的选择手术，首先要弄清囊肿的性质，是生理性的还是病理性，是良性的还是恶性的。如果囊肿较大或出现急腹症时，则必须手术，反之囊肿较小，直径不超过5厘米，则要视情况而定。
卵巢囊肿手术后肛门刺痛，如果大便干燥或是有便秘，是由于大便干硬引起，饮食多食用水果蔬菜，必要时每天饮用一杯蜂蜜水，注意适当活动，都是可以有效地促进排便的。如果大便没有异常，需要去肛肠科做一下肛诊，排除直肠疾病。
一般情况下，卵巢囊肿疼痛可能是以下原因导致的：
如果一个卵巢囊肿低于5cm，就不会出现任何的症状。如果卵巢囊肿疼痛，说明是由于卵巢囊肿长的太大。当发生囊肿蒂扭曲时，会引起卵巢囊肿肿疼痛。如果是卵巢囊肿疼痛，患者可以遵医嘱口服桂枝茯苓胶囊进行治疗。如果卵巢囊肿比较大，必要时，患者可以通过手术的方式进行治疗。
通常情况下，卵巢囊肿出现疼痛症状可能与囊肿大小和性质有关系。如果患者患有的囊肿体积小，直径在3cm以内，通常是没有疼痛感的。但是如果囊肿持续增大，直径超过5cm，就有可能会出现疼痛感的。而且用手按压的时候，腹部可能会有压痛、反跳痛等症状。如果是生理性的黄体囊肿或者滤泡囊肿，一般会跟随月经来潮自行消失，没有疼痛感。而病理性的巧克力囊肿，可能会出现进行性加重的痛经。
因人而异，右侧卵巢囊肿即右附件囊肿，一般附件囊肿是指卵巢囊肿。卵巢囊肿是女性生殖器官的一种常见的良性肿瘤。分粘液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤，良性畸胎瘤、纤维瘤、含睾丸母细胞瘤等类型，多有恶变的可能，常见于20岁-50岁妇女。
卵巢囊肿术后隐隐疼可能是手术后粘连，很常见，多数随着时间推移逐渐会好。用药可以抑制内异症复发，也可以打针，但是用到6针就可以了，停针后内异症可能还会复发。腹腔镜手术应该把肉眼能看到内膜异位病灶都处理了。