巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，应该来说去当地医院检查下，在医生的嘱托下，进行积极治疗，服药期间不吃辛辣刺激的食物，平时多喝水，温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，不要有性生活。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部卵巢巧克力囊肿分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行复合。确诊为巧克力囊肿，一定要及时治疗。以免错过治疗时机。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
轻微巧克力囊肿应该是可以治好的，应该来说去当地医院检查下，在医生嘱托下，积极进行治疗，在服药期间不吃辛辣刺激的食物，必要时去医院做详细的检查，对症治疗，平时要注意个人卫生，不要熬夜，保持充足的睡眠。
可采用药物或（和）手术治疗。术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病妥当的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。