矮小症的治疗主要包括原发病的治疗、心理辅导，以及药物治疗等，具体分析如下：
1.原发病的治疗：比如肾小管酸中毒引起的矮小症，在对症消除病因以后，身高增长可以慢慢恢复。还有一些因为颅脑外伤、放疗、肿瘤引起的继发性生长激素缺乏症，要对症进行外科或者手术治疗。
2.心理辅导：主要是因为患者身材矮小，容易受到同龄人的嘲笑，患者可能会产生自卑、不愿接触人群及社会等消极心态，应该帮助建立对疾病正确的认识，保持积极的心态。
3.药物治疗：主要是采用重组人生长激素进行治疗，生长激素除了用于生长激素缺乏性的矮小症。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。
矮小症需要治疗多久是不一定的，根据儿童的具体病情和治疗方案，会有不同的治疗时间。
由于不同的儿童体质不同，所以生长的时候并没有固定的标准，越是年轻的儿童，生长的几率就越大，而且是尽早的进行治疗。可以口服生长激素，并进行运动和补充钙质的补充剂来促进身体的发育，具体的治疗要看宝宝的具体状况，只要荷尔蒙的分泌是正常的，那么就可以靠自己来促进身体的生长。