宝宝母乳性腹泻要进行大便常规和过敏原筛查，一般可以人工喂养，需要食用水解蛋白的奶粉进行喂养，还要注意防寒保暖。孩子很有可能是对乳糖不耐受引起的，与先天遗传有关。
宝宝母乳性腹泻，也属于是宝宝的生理性腹泻。因为宝宝月龄小，所以消化系统、神经系统发育不完全，消化能力较弱，经常会出现消化不良、腹泻的症状，大多是由于宝宝对母乳当中的乳糖不耐受所引起的，一般一岁左右就会自愈。添加辅食之后，大便就会逐渐转为正常的。
3个月的宝宝母乳性腹泻可以添加奶粉，母乳性腹泻的发生多是由于宝宝对母乳中的乳糖不耐受导致的，问题不大，宝宝会逐渐适应母乳成分，乳糖酶活性也会逐渐增加，这样就会对乳糖有效的分解吸收。
母乳性腹泻一般多见于六个月以内的宝宝，可以分为轻度和重度，轻度的腹泻，一般每天大便三到七次左右，大便呈泡沫稀水样，伴有酸臭味，少量的奶瓣，一般无发烧，小便量比较多，精神好吃奶好，身高体重增长都正常。重度腹泻，大便大于十次左右，蛋黄汤样便，同时出现精神萎靡，宝宝哭闹，烦躁不安，小便量少，有的还会明显的脱水的表现，身高体重增长比较缓慢。
母乳性腹泻是乳糖不耐受引起的，如果大便次数不多，不影响生长发育，体重增长是正常的，就不需要特殊治疗。如果大便次数比较多，体重增加缓慢或者是体重不增，首先调整饮食，选用没有乳糖的配方奶粉喂养。
母乳性腹泻需要改善妈妈的饮食习惯，不要吃些太过油腻的食物，少吃凉的和刺激性食物。多吃些易消化的食物，比如面片，面条，馒头面包等。平时注意宝宝腹部的保暖，多喝温开水，也可以喝一些糖盐水。每天给宝宝做腹部按摩，把双手搓热，放到宝宝肚脐的位置，顺时针按摩十下左右，反复五到六次。