新生儿肠道畸形症状在早期时会出现频繁呕吐，且呕吐物里面是一些不消化的奶液，或者是隔夜的奶液，有馊味，这时要注意有先天性幽门肥厚；如果呕吐出来的胃内容物是胆汁样的东西，甚至是粪渣样的东西，即像大便一样的呕吐物，且小孩子伴有腹胀的情况，这时候要怀疑是中肠旋转不良；如果呕吐跟腹胀没有那么早出现，是在生后21天左右出现腹胀，而且小孩子要么不排便，要么一排便就排特别多。
新生儿肠道畸形的症状有呼吸困难、呛咳、发绀、呕吐、腹胀、排便功能障碍即呼吸困难。与儿科某些疾病如消化不良、肺炎等相似，易于延误诊断。新生儿肠道畸形，根据不同的部位采用不同的手术方式治疗，除了小肠手术后影响营养吸收。
新生儿肠道畸形，并不常见，特别是以往的时候。现在随着医学的进步，及小儿外科的发展，很多新生儿都发现有消化道问题。消化道问题里面就包括消化道畸形，比如上消化道常见的疾病，有幽门肥厚、中肠的旋转不良。还有先天性巨结肠比较常见。这一系列的消化道畸形，实际上婴儿在母体里面有时候会有些征兆。
一般情况下，新生儿胃肠道畸形的症状可能有呕吐、腹胀等，具体分析如下：
1.呕吐：如果存在新生儿胃肠道畸形的情况，在早期的症状可能不是特别明显，但在出生后两周左右，可能会逐渐出现频繁呕吐的症状，每次食奶后就呕吐。
2.腹胀：新生儿胃肠道畸形，如果存在其他畸形，如肠闭锁、环状胰腺等，可能会导致新生儿出生以后就腹胀。
新生儿肠绞痛会有打嗝，放屁等症状，具体分析如下：新生儿的肠绞痛一般是在满月左右出现的，因为人出生后的头一个月里，身体的成长速度最快，身体里的内脏也会快速增长。肠蠕动是指食物从嘴里进入胃部，然后通过肛门排出，同时也包含了一些气体。这些气体进入胃部之后，一部分会随着打嗝而消失，剩下的则是通过排出的废气和放屁来排出。如果在肠子里有不规则的蠕动，就会堵塞在肠子里，导致胃部疼痛。
消化道重复畸形是指附着于消化道系膜侧的，具有与消化道相同特性的球形或管形空腔肿物，是一种比较少见的先天性畸形。可发生在消化道的任何部位，但以回肠发病最多。先天发育异常都需要手术治疗。