予以物理降温等对症治疗就行，可以自己在家物理降温，用温水或者酒精擦拭宝宝的四肢与腋窝、腹股沟，温度会慢慢降下来。要随时检测体温，只要体温不超过三十九度，就多喝水，多休息，是可以恢复的。
通常情况下，宝宝打完防疫针两天发烧怎可以通过物理方法、药物来治疗。具体分析如下：
如果宝宝打完防疫针两天发烧，应该勤测体温，可以采取物理降温的办法辅助退烧，比如贴降温贴、温水擦浴或者洗温水澡；除此之外，还可以口服抗病毒口服液、头孢克洛颗粒、布洛芬颗粒等，从而缓解宝宝的不适症状，还可以预防外界病毒的感染。
宝宝发烧需要首先明确病因，针对病因进行处理，控制体温主要是采用药物降温与物理降温的方法，用药应在医生指导下使用。因为体温过高时容易引起小儿高热惊厥，小儿发烧临床上可以分为感染性与非感染性，以感染性多见，如感冒等是最常见的病因。
发烧是疫苗接种后常见的不良反应，通常发生于疫苗接种四十八小时以内。宝宝注射疫苗发烧后，要让宝宝多喝点水，适当增减衣服，利于散热。没有超过三十八度五，可以采用物理降温，比如温水擦浴身体，洗温水澡，额头贴退热贴等。超过三十八度五就要使用退烧药降温了。接种疫苗引起的发烧一般不会超过四十八小时，除了对症处理外，不需要特殊治疗。如果持续高烧超过四十八小时就要就诊检查一下了。
一般来说，由于大部分疫苗都是使用了减毒活疫苗和异体蛋白，所以婴儿打完疫苗发烧了是很普遍的不良反应。发热不会发展成高热，体温在38.5℃以内，可以通过物理降温的方式进行退烧，可以用冰袋敷在宝宝的头部或者是用湿毛巾擦身体，同时要多给孩子饮水，促进身体的水分代谢。一般情况下两日后会自动消退，如果婴儿打完疫苗发烧了的情况一直持续，应该及时前往医院就诊。
孩子打防疫针后发烧，可以服用一些退烧药物，饮食可以吃清淡，容易消化吸收的食物。注射疫苗前要严格询问病史，有感冒，咽喉肿痛，发烧的孩子不建议打预防针，可以在疾病痊愈后一周再接种疫苗。