宝宝大便水便分离可以使用药物治疗，同时化验大便常规，注意轮状病毒感染。及时补充水分，防止出现脱水。孩子拉肚子期间，要继续喂养，保证基本生理需求。拉肚子好转以后，及时补充锌，促进肠黏膜的修复。
宝宝大便水便分离，如果伴有排便次数和量多的情况，可能是肠道感染性疾病引起的秋季腹泻或者是肠炎。导致宝宝水样便的原因主要是喂养过度或过早添加辅食，或天气变化引起的腹部着凉。由于宝宝腹泻，会导致水电解质紊乱，所以应适当的补充补液盐。如果伴有呕吐，腹痛，频繁哭闹的情况，应及早去医院就诊，以免病情严重，导致宝宝脱水。
宝宝大便水样应该及时完善大便常规检查，确定大便内不含有白细胞，排除细菌感染性腹泻的诊断。如果是感染细菌，需在医生指导下服用抗生素，控制肠道内外感染，避免滥用抗生素，如果宝宝症状过于严重，可以暂时给宝宝服用肠黏膜保护剂，用微生态制剂来改善肠道微生态环境。
可能是胃炎或者消化道溃疡的。应该做胃镜明确，另外应该要看一下肛肠科的医生。做结肠镜检查最好。是否是有肠道问题可能。尤其是否有结肠炎的可能。另外一定要禁烟，酒，辛辣食物。
一般情况下，不停的拉肚子便水多考虑是肠炎引起的，建议去医院查一下便常规，明确病因后对症治疗。
出现了细菌感染，可以服用一些改善肠道菌群的药物，包括：蒙脱石散、黄藤素片、氟哌酸胶囊、益生菌等。在没有细菌的情况下，只要口服止泻药物和改进肠道菌群药物即可。拉肚子时注意多饮热水，注意休息和腹部保暖，饮食上注意清淡。
