临床上肠套叠常见的典型表现是腹痛、呕吐、便血和腹部肿块。由于婴幼儿尚不会诉说，故常表现为一阵阵哭闹不安，屈膝缩腹，双臂乱舞或用手抓按摩腹部，面色苍白、拒食、出汗。持续数分钟后，腹痛缓解，小儿安静或入睡，间歇10-20分钟后，以上症状又反复发作。
婴儿肠套叠四大症状是阵发性哭闹、呕吐、腹部包块、果酱样大便。
一、阵发性的啼哭，因为肠套叠后，小肠进入大肠，肠道蠕动造成肠痉挛，导致孩子啼哭；二、呕吐，肠套叠后的一段时间内会出现呕吐，呕吐的是黄绿色的液体；三、腹部包块，有的小孩能触摸到，腹部、中上腹，有一块腊肠状的肿块，说明是肠套叠；最后就是像果酱一样的大便，也就是说，嵌顿的肠管出现了失血和损伤，导致了血便的产生。
阵发性的哭闹是肠套叠最主要的一个临床表现，会出现反复的发作每次哭闹持续的时间大约在10到20分钟，这是由于肠系膜被牵拉而产生剧烈的疼痛引起的。呕吐、腹部的包块、果酱样大便也是肠套叠早期一个主要的表现之一。到了晚期以后有可能会出现萎靡不振，反应比较低下，有的孩子甚至会出现休克的状态。
宝宝肠套叠的症状是不明原因的异常哭闹，呈阵发性，较剧烈，有的孩子呈蜷曲状，腹部局促再就是频繁呕吐。有的孩子稍大一些会说腹痛，再就是腹部的包块，多数家属摸不到，需要大夫去摸。再就是血便。果酱样大便均匀的掺杂到大便中。肠套叠的治疗，当出现以上症状的时候，及时到医院进行B超的检查，以明确诊断。
一种是阵发性哭闹，突然发生哭闹、屈腿、面色苍白、一种是呕吐，阵发性哭闹开始不久就会出现呕吐，最初呕吐物为奶块或食物，还有便血有时可排出深红色血水或鲜血便，还有腹部肿块，肠套叠肿块的部位，依套入点和套入程度而定，以右下腹或右上腹为多。
新生儿肠套叠早期主要表现为腹痛、呕吐、血便、腹部包块等。
1.腹痛：一种突如其来的、周期性的、剧烈的、阵发性的绞痛。腹痛一般在10-20分钟左右就会消失，休息一段时间后会出现反复的情况，通常会出现突然的剧烈哭泣。
2.呕吐：初期含乳块及食物残渣，后期可含胆汁，后期可吐出类似大便的液体。
3.血便：大多数病人在发病后会有一种类似于浆状粘液的血便。
4.腹部包块：大部分患者在右下腹有轻度触痛的套状肿物，可轻微活动。