益生菌是肠道内的有益菌，能帮助维持肠道的正常功能，有促进营养吸收、刺激机体免疫系统、提高免疫力的作用，如果益生菌遭到破坏，数量减少，就会导致肠道的功能紊乱，出现腹泻、胃口差、对食物过敏、抵抗力下降、反复生病等问题，合生元益生菌能够更好地定殖于肠道，作用效果更好，也要优于普通益生菌。
这个药物的作用是有利于改善消化，对于改善婴幼儿的肠道功能不适。只能起到一定的辅助作用，改善消化的作用，但是并不能直接治疗消化不良，或者一些消化道的症状，是可以长期吃的。
有助于人体的免疫、抗菌、抗病毒以及新陈代谢等生理活动，可以调整肠道菌群，改善消化不良，其具有是通过占位排挤有害菌，产生有机酸及多种天然抗菌物质，防止害菌过度繁殖，激活免疫系统，促进吞噬细胞的活性，增强免疫力。
合生元益生菌的婴儿用量为零到十二个月的宝宝，每天一包，早晚各半包。12个月以上的宝宝每天两包，早晚各一包，早餐前或同餐服用效果更好，冲服时水温在37度以下，可用温水或直接加入牛奶、米糊等流质食品中，调匀饮用。
合生元益生菌冲剂和益生菌粉功效是有区别的。合生元益生菌原味和牛奶味的区别：奶味是指的益生菌粉，原味指的是益生菌冲剂。牛奶味是调理肠道的，而原味是增加抵抗力的。
合生元益生菌儿童型适合包括新生儿在内的宝宝，益生菌对宝宝的作用主要是调理肠道菌群的作用，由于宝宝的胃肠功能发育不完善，很容易出现肠道菌群紊乱的情况，主要表现为消化不良、呕吐、腹泻、便秘等，益生菌可以调节肠道菌群，改善由于肠道菌群紊乱而引起的化不良、呕吐、腹泻、便秘等症状，而且没有什么副作用，比较安全。