一般来说，宝宝肠炎的治疗要按引起病因的不同，治疗方法不一样。
1.真菌性肠炎，多见于早产儿、体质虚弱的宝宝，大便表现为豆腐渣样大便，所以宝宝肠炎的治疗，要制霉菌素进行抗真菌治疗。
2.宝宝肠炎可能是饮食不洁引起的，容易被大肠杆菌感染，可以吃阿莫西林或蒙脱石散，具有抗感染、止泻等作用。
注意休息，饮食以清淡、易消化为主，尽量不吃辛辣刺激性食物
一般情况下，肠炎结肠炎可以使用饮食调整以及口服药物的方式进行治疗。具体分析如下：
1.饮食调整：通常来讲，建议肠炎结肠炎患者可以适当吃葡萄、菠萝、橘子、菠菜等富含维生素的水果和蔬菜，加速炎症的消散，可以使症状得到缓解，少吃肉类食物。
2.口服药物：除饮食调整外，患者还可口服乳酸菌素片、多酶片等增加肠道有益菌的药物进行改善肠道功能。
宝宝肠炎应该怎么治疗，当小儿患肠炎时要注意饮食的调理，如果腹泻严重的话，可暂禁喂食让胃肠休息一下，在腹泻时期患儿的饮食要以消炎为主，所以食物不要放油，对于胃口不好腹泻稍有好转的患儿，可适当的吃些大米粥，稍加点盐，其他什么都不要放。对肠炎有一定作用。
小孩肠炎可使用头孢类及其他消炎药，此外，还可给予头孢类消炎药，思密达接受治疗并大量饮水，防止脱水发生，还要注意营养的补充，注意勿吃辛辣刺激性食物、加强运动，增强自身免疫力、避免感冒、多喝水，如病情较重，就医治疗。可以遵医嘱服用蒙石脱散、乳酸菌素片、乳酸菌素颗粒、肠炎宁片等药物进行治疗。并且注意保暖，避免着凉，避免吃辛辣、刺激的火锅、冰淇淋等食物，以免影响药效。
如果出现宝宝有肠炎的情况，可以适当的服用一些消炎的药物，也可以去医院的消化内科进行就诊，可以进行静脉注射的治疗。平时应该要多注意宝宝的腹部的保暖情况，避免着凉。