生理性腹泻是由母乳原因造成的，解决的根本办法就是换奶，药物治疗是不能解决根本问题的，当改吃牛奶或其他乳品后一般都能奏效，对于生理性腹泻婴儿应加强护理，应及时换尿布，用温水清洗臀部及会阴部，并用软膏涂抹，否则就有可能引起臀部皮肤发红，甚至局部感染。
宝宝生理性腹泻可通过以下方式进行处理。
儿童乳糖不耐受、受凉或进食过多可能会引起宝宝生理性腹泻，如果宝宝的症状较轻，则建议适当补充锌剂、微量元素；如果宝宝症状比较严重，建议家长在医生的指导下给患儿服用一些胃肠黏膜保护剂或调节肠道菌群的药物进行治疗。
注意病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通。
宝宝生理性腹泻1-3个月左右能好。
生理性腹泻以6个月内婴儿多见，外表虚胖，常伴湿疹并在出生后很快发生腹泻，除了大便次数的增加，未见其异常症状，食欲良好，对它的生长发育没有影响，通常1-3个月左右能好。如果是感染性疾病引起的腹泻，可表现为发热、腹痛和呕吐等症。
此外，腹泻症状渐渐改善，可给予婴儿口服益生菌，以调整胃肠功能。
婴儿生理性腹泻，多见于六个月以下的宝宝，出生后不久就开始腹泻，除了大便次数多以外，无其他症状，宝宝食欲良好，发育正常，外观虚胖，待孩子添加辅食后，大便渐渐转为正常，生理性腹泻不用药物治疗，注意护理就可以了，宝宝大便次数多，所以要勤换尿不湿，用温水洗臀部，保持臀部和会阴部皮肤干净，预防局部感染的发生。
宝宝吃母乳的时候造成乳糖不耐受，就是属于生理性的腹泻，吃了不卫生的东西造成的拉肚子，这是属于病理性的。这两种的方法很好区分，是生理性的，就要吃益生菌调理肠道。属于病理性的就要吃药控制。
一般情况下，宝宝生理性腹泻可能是生理性的痢疾是一种婴儿在出生后会有的，一般小孩在2-3个月以后，就会有排便。年龄较轻的儿童，在一个多月的时间里，大便不成形。随着肠胃的恢复，宝宝的排便也会慢慢成型，但如果是生理上的腹泻，则会一天一次的拉稀，一次就是三五次。这种孩子能吃能喝能长肉，身体会比较虚胖，但是不会对孩子的发育造成任何的负面影响。儿童大多有家庭病史，由于对身体的生长发育没有很大的负面作用，所以不需要过多的处理。4个月以后，如果补充更多的食物，就会改善。由于母乳中含有乳糖酶，引起的乳糖不耐受，从而引起了宝宝的痢疾，如果减少喂奶量或者使用思密达，就可以减轻。不建议使用市场上的任何一种。