输尿管结石疼痛是由于结石梗阻导致的，而输尿管结石疼痛的位置是由于结石的位置而决定的，不同的位置就可能造成不同的疼痛部位。输尿管结石梗阻于上段输尿管时，产生的疼痛主要位于后腰部或两侧腹部处，并沿输尿管行径，放射至同侧睾丸或阴唇和大腿内侧。
输尿管结石疼痛的缓解是需要医疗干预，若是前尿道结石，需从尿道口取出，若是后尿道结石，需将结石送回膀胱，再进行碎石取出，尿路结石是最常见的泌尿外科疾病之一。
输尿管结石术后疼痛与是否放置引流管、结石残留、输尿管痉挛有关，术后常见的临床表现为尿频、下腹部不适、血尿，可以使用α受体阻滞剂进行解痉治疗，缓解平滑肌的收缩。部分残留较小的结石，排石过程中也会出现疼痛，需注意是否造成石阶，可通过重置尿管或二次碎石等方式进行缓解，尤其操作部位水肿常导致腰部疼痛，建议放置输尿管导管解决肾积水。
必须使用一定的止疼药物。在输尿管活动的过程当中，有可能损伤输尿管的粘膜，刺激周围的神经，从而导致疼痛，这种疼痛称为肾绞痛。疼痛一旦发生，想要缓解，如果石头不动，自然而然疼痛就会慢慢减轻。
大部分的输尿管结石在输尿管碎石之后很快疼痛就可以缓解了，一般需要3天。有些结石不光滑，或者是比较大，在往下排的时候，可以会对尿道有刺激，或者排到下一个狭窄的时候会重新引起梗阻，疼痛一周左右就会缓解。
做完输尿管结石手术腰疼正常，绝大多数做完手术腰部不会疼痛，症状会明显的缓解。有一部分会有腰痛，主要就是输尿管支架管的耐受性不好，有残留的小结石往下移动，导致刺激症状引起疼痛。