巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位，形成异位囊肿，异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落、出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含有陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性的血呈褐色、黏稠、浆糊状，像巧克力一样，所以叫巧克力囊肿。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾就容易堆积在宫腔内而不能经由阴道排出，长期这样就有可能触发巧克力囊肿。
可能是刚手术结束的原因，过几日去检查看看手术情况，手术后要注意休息，加强营养．在饮食上注意多进食优质蛋白，如豆类，奶类，进食维生素丰富食物，如新鲜蔬菜，水果，及含铁丰富的食物，以补充造血原料等易消化的食物，只是不能够吃辛辣、刺激、生冷食物。
巧克力囊肿会出现腹膜炎、不孕、急腹症、性交痛以及痛经的情况。巧克力囊肿的痛经一般是继发性的，逐渐加重。然而，少数没有明显的疼痛。主要原因是异位的子宫内膜受卵巢激素的影响，与正常子宫内膜发生相同的周期变化。月经后半期，异位子宫内膜增厚会造成充血，导致肿瘤内子宫内膜异位症的压力增大，因此月经时囊袋的血堆积，使囊壁应力在一定程度上增加并引起疼痛。
巧克力囊肿最主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产也可引起，输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。内分泌因素、炎症因素（患有盆腔炎等疾病并且出现了盆腔粘连的情况，没有得到及时地治疗，造成大量的积血淤积）子宫内膜因素（脱落的子宫内膜随经血逆流进入腹腔）压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因，治疗该病一般选择手术治疗，术后配合药物治疗。