巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指卵巢囊肿内含陈旧性积血，呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力。多数病患无明显临床症状，往往是体检时无意发现而就诊。少数病患表现为痛经、月经不调、患侧疼痛、不孕等。一旦明确诊断，对囊肿进行切除。
巧克力囊肿这种疾病对身体健康危害是比较严重的，这是一种比较常见的妇科疾病，发病人群大多是育龄女性。巧克力囊肿可以引起出现不孕，痛经，月经不调以及性生活疼痛的情况，所以一定要及时去正规医院进行治。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
巧克力囊肿是因为子宫内膜移位到卵巢上造成每次月经来潮卵巢也随之出血而引起的，子宫内膜异位症会影响怀孕的，要看巧克力囊肿有多大，如果在五公分以上还是考虑手术治疗，巧克力囊肿比较小，可以考虑用药物来治疗。