巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
中医怎样治巧克力囊肿：治疗巧克力囊肿，是采取手术治疗，中医治疗效果不好，防止时间长了影响输卵管功能，可以选择做腹腔镜微创手术。平时要注意休息，多喝热水。还要注意卫生。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
一般是从整体的观念入手进行治疗，活血化瘀，软坚散结，疏肝理气，扶正固本，清热解毒等全面的调节女性内分泌，在治疗一段时间后气行血活，脏腑通顺。中医治疗巧克力囊肿最明显的优势就是不开刀，副作用比较小且在治疗后复发率是比较低的。
可以先通过中医治疗的，中医治疗主要是中草药为主，还可以结合内分泌的西药治疗，中西医结合效果更好，如果经过药物治疗效果不好的，需要采取手术，手术中很难将囊肿完整取出，囊肿一旦破裂，囊液流入腹腔，即可造成复发，腹腔镜更是如此，不可能从几毫米的小洞中把囊肿完整取出，所以二者均不是治疗巧囊的选择。
巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。