目前对于输精管阻塞的治疗主要是对因治疗的，也就是说先要找出输精管阻塞的病因，找出病因后先治疗病因，病因治好了以后输精管自然就会通畅了。临床上对于输精管堵塞的治疗最为常见的方法还是手术治疗，其中，输精管吻合术就是一种能有效治疗输精管堵塞且难度较低手术，具有对输精管堵塞的损伤小、治疗时间不长等的优点。
治疗输精管堵塞首先要看以前是否做过结扎，或是以前是否有炎症而引起了梗阻，另外还要看梗阻的部位和长度。如果是结扎引起的，那么手术部位就比较明确，可以做显微手术进行疏通。如果是结核引起的，那么手术可能无法达到要求，可以对睾丸附睾进行穿刺取精，进行辅助生育。
输精管堵塞与睾丸炎也有关系的，也可能是与输精管炎症有关的，需要进一步检查确诊并治疗，不孕不育的病症及病因有多种，需要到专业的男子医疗机构进行检查，根据检查结果进行治疗。
治疗输精管堵塞的时候，应该以消炎、抗感染以及疏通为主。如果是因为炎症引起的射精管口水肿，那么一般是不需要做手术的，通过抗感染和物理治疗来去除炎症，消除水肿，就可以让生殖道恢复通畅了。如果是在输精管发生了堵塞，那么就需要做输精管端吻合术把堵塞部位切除，要是病变部位在附睾尾部，那么使用附睾吻合手术。
有输精管堵塞一定要及时到专业医院检查治疗，全面提升精子质量、正常形态精子数量、活动力、精液量、精液液化等精子指标，提高怀孕的成功率。还有戒烟酒，忌食辛辣刺激性食物，达到饮食营养均衡。