唐氏筛查是通过采取母亲血液，初筛胎儿是否可能患有唐氏综合征等遗传性疾病，准确率低，存在假阳性的可能。而无创DNA是通过分离母亲血液中胎儿的染色体进行检查，是无创的，还能直接检查胎儿遗传物质是否存在异常，准确率高，可高达90%以上。
唐氏筛查和非无创DNA检查都是检查胎儿的染色体，16条染色体和21条染色体。是怀孕16周至18周之间做唐氏筛查，如果唐氏筛查的是低风险，那么可以排除有染色体异常，如果唐氏筛查是高风险，那么还得做无创DNA再复查。相对来说无创DNA准确率高。无创DNA检查的费用比较高。
无创产前基因检测和唐氏筛查的区别主要在于检测的范围和检测的准确性。首先唐氏筛查主要检测21三体，18三体以及开放性神经管畸形。无创产前基因检测范围比较宽泛，能够检测所有染色体以及常见的染色体微缺失和微重复，因此无创产前基因检测的范围要大于唐氏筛查的检测范围。
唐氏筛查的主要问题是有相对较高的漏检率和很低的特异性。唐氏筛查的漏检率在30%左右，而对唐氏综合征的特异性约为1%-2%。但是无创产前基因检测在准确性上要优于唐氏筛查。无创产前基因检测对唐氏综合征的漏检率只有2%左右，而特异性达到99%左右的水平。
无创DNA产前检测和唐氏筛查相比，具有以下优势：检验结果更准确，检测更多染色体。无创DNA可筛查出21-三体，18-三体和13-三体三种疾病，同时可做出其他染色体异常的提示，而唐氏筛查只检出21-三体和18-三体两种染色体非整倍疾病。筛查孕周范围更广。早孕期唐筛适合孕周为11-13周，中孕期唐筛为15-20周，而无创产前基因诊断适合孕周持续时间能直至孕(22周6天)。
唐氏筛查现在并无无创之说，由于唐氏筛查自身并无外伤，故简单地称为无创唐筛，现在仅有无创DNA检查一种正规医学说法。
唐氏筛查多是指妇女妊娠四个月前后，用抽静脉血的方法进行筛查，此时是观察发生唐氏儿风险概率。若唐氏筛查存在高风险或临界风险时，为进一步证实胎儿健康，有必要考虑进行无创DNA检查或有创羊水穿刺。