药物流产对身体伤害是很大的，主要是出血时间长，出血较多，但对子宫内膜的损伤比人流要小。怀孕五十天以内选择药物流产，也可以选择人工流产，人流对子宫内膜损伤大但是出血时间短。
药物流产适用于怀孕49天以内的，如果患者现在怀孕没有超过49天，做彩超检查可以确诊为宫内孕，可以在医生的指导下服用药物流产药。药物流产药也会有一些副作用，如果肝肾功能不好的是不建议服用药物流产药的，服用药物流产药有可能会流不干净，到时候还需要再做清宫手术。
药流对身体伤害较大。药流的药物需要空腹服用，对胃肠道刺激性相对比较大，可以出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、乏力等一系列的症状。而且药物对肝肾功能，存在一定的损伤性的作用。药流对内分泌性激素水平可以造成一定的影响，后期可以有出血淋漓不尽，月经不调的情况存在。药流不能多次进行，不然可以导致不良后果。
从流产方式上看，药物流产对身体的伤害相对较小，但不管药物流产还是人工流产都会伤害身体。
停经49天以内的孕妇可以采用药物流产，有75%左右的成功率，若药物流产失败，则要做清宫手术，注意清宫手术对身体伤害很大。停经12周以内的孕妇可以进行人工流产，主要是通过局部麻醉，将孕囊、胚胎组织取出体外，手术成功率很高。因此，若成功进行药物流产，对身体伤害相对较小，若药物流产失败，则可能比人工流产手术伤害更大。
药物流产和无痛人流手术对身体都是有一定伤害的，药物流产如果能流产干净，避免了宫腔内手术的情况，对身体的伤害性是相对小一些的。越早流产对身体的伤害性就越早，要尽快到医院彩超检查确诊胎儿发育情况，再选择合适的流产时间，以后要做好避孕措施。
药流再清宫，一般伤害都比较大。通常这种终止妊娠的方式，都是由于停经时间比较长，孕囊又比较大，所以不能直接行人流手术。由于在药流的时候，会将孕囊和部分蜕膜组织排出宫腔，本身对身体和子宫就是一种伤害。而由于蜕膜组织没有完全排出，所以就还需要行清宫手术操作。而在清宫手术时，是用刮匙直接在宫腔内刮出残留组织，所以对内膜又会再次伤害。