怀孕六周有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
怀孕6周出现阴道棕色的分泌物，很有可能是由于子宫内有少量的出血，但是出血量很小，无法形成血流，因此会随着白带和其它的分泌物从阴道中排出。怀孕头三个月是容易发生流产的季节，出现阴道出血或血性白带是流产的主要特点，如果在怀孕期间出现阴道有不明的异常分泌物，要及时就医。
妊娠5周时出现褐色分泌物可能是宫腔内出血异常引起的。
引起妊娠早期宫腔内出血异常的病因，大多考虑为妊娠后内分泌功能紊乱，使机体孕激素含量不足，或染色体异常引起胚胎发育异常，病毒感染，性生活刺激，剧烈运动，烟酒刺激引起胚胎发育异常。除此之外，还可因宫颈糜烂、宫颈息肉、子宫内膜炎而导致出血不正常。建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
如果怀孕8周的时候出现褐色分泌物，常常是由于以下原因所导致的，体内的孕激素不足，使子宫平滑肌收缩，子宫壁与妊娠囊之间出现剥离，毛细血管破裂之后出现出血，而这种出血并没有及时排出宫腔之外，淤积在宫腔之内，经过几天之后才排出，原有的血液就会变成陈旧性出血，所以就是咖啡色的分泌物。
出现褐色分泌物，需要考虑先兆流产，同时也要排除宫外孕。如果孕酮偏低，孕妇休息不好、情绪紧张等，都会增加先兆流产的风险。怀孕是优胜劣汰的过程，如果出现褐色分泌物，有可能会导致难免流产。
如果孕四个月内阴道有褐色分泌物，通常是少量出血导致的，可能是先兆流产、生化妊娠、异位妊娠、月经不调等原因引起的。孕妇首先需要去正规的医院进行检查，抽血化验孕酮值和绒毛膜促性腺激素hcg，必要的时候可以结合B超检查来明确病因。如果确定怀孕了，建议卧床休息，观察出血量和持续时间，如果有必要的话可以考虑保胎。
怀孕五周有褐色分泌物分生理性原因和病理性原因两种。首先，如果在孕5周出现褐色分泌物，伴有一侧小腹轻微刺痛，很有可能为受精卵着床出血，这种出血一般在1-2天就会消失，出血颜色为淡粉色或者褐色，为正常现象，不用担心；但是如果出现褐色分泌物伴有小腹部疼痛不减的情况，也考虑为先兆流产。