目前主要有西药治疗、手术治疗和中医治疗技术等，药物治疗主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期，但对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗，腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。
巧囊需要使用药物治疗，如果病情严重需要进行手术切除，输卵管积水输卵管积水的可以使用中药治疗，也可以采用内科把输卵管积水以阴道超声波，或者腹腔镜的方式抽吸掉。卵巢早衰要以生活方式来调整，即保持正常体重，适当进行负重锻炼。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
巧囊是巧克力囊肿，其实就是由于子宫内膜异位造成的卵巢囊肿。因为囊肿里面，都是一些陈旧性的血液，就和巧克力的颜色差不多，所以就叫巧克力囊肿。如果巧克力囊肿大于5厘米，也容易发生一些并发症，需要手术治疗。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
