通常情况下，月经干净后又流血可能是内分泌失调、肿瘤、妊娠、避孕药等导致的。具体分析如下：
1.内分泌失调。由于内分泌紊乱，卵巢分泌雌激素减少，导致子宫内膜脱落出血。
2.肿瘤。生殖器官的良性与恶性肿瘤，都可能引起不规则的阴道出血。
3.与妊娠有关的出血。如先兆性流产、宫外孕或葡萄胎、着床出血、排卵期出血等。
4.与避孕有关的出血。如服用避孕药后，会出现撤退性出血或服药不规律以及子宫避孕环移位可能导致不规则出血。
月经干净后又流血，首先看月经干净后几天开始流血，如果月经干净后一周左右出现流血，周期是30天来一次月经，月经结束后一周时间是排卵期。排卵期体内雌激素水平低，也会出现量少、色黑的月经，经血一般2-3天就回去，偶尔1-2次问题不大，经常有，一般是有内分泌失调，需要到医院做相关检查。
一般来说，月经干净后又来褐色分泌物可能是有少量的经血残留在子宫内不能够及时排出导致的。如果月经干净一周后出现褐色分泌物，同时处于排卵期，此时可能说排卵期导致的出血，一般持续2-3天左右，能自行缓解，不需要特殊的治疗。平时要注意腹部保暖，并保持局部的卫生。如果反复出现该症状，患者需要到医院检查，并排除宫颈、宫腔内膜等因素。
影响月经的因素很多，常见如卵巢功能异常，子宫疾病，宫腔疾病，内分泌功能紊乱等，可以在月经来潮的三至五天到医院做电化学发光免疫分析法激素六项的检查了解内分泌情况，结合阴道四维彩超明确子宫卵巢有无异常，确诊病因再对症治疗，不要盲目治疗。
一般来说，引起月经干净两天后又流血的主要原因是以下这些：
1.如果体内的雌性激素不足，子宫内膜就会因为缺乏雌激素而再次出现阴道出血。
2.子宫内膜的炎症会引起子宫内膜的异常脱落，这是因为内膜炎症引起的组织比较脆，从而引起阴道出血。
3.阴道不规则出血的原因也可能是患有子宫内膜异位症、粘膜下子宫肌瘤等造成的。建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
月经后又出现阴道出血是不正常的，要引起重视，可能与阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、功能失调性子宫出血等疾病有关。
建议去医院做血常规、性激素六项、妇科彩超，必要时行宫腔镜探查术以明确病因。
另外建议平时注意清洗外阴，防寒保暖，多吃新鲜蔬菜和水果，忌食辛辣冷凉食物，少吃油炸或高脂肪食物，保持心情愉悦。