移植入宫腔的胚胎有时会随培养液流入输卵管，当输卵管功能正常时，能将胚胎在运送回宫腔，但当输卵管和盆腔病变后，输卵管正常蠕动消失，就不能将胚胎运送回宫腔，就会发生宫外孕。此外做试管婴儿时，如果胚胎质量差、移植胚胎数目多、患有子宫内膜异位症等都会导致宫外孕发生率增高。
出现宫外孕的发生率是1%到2.5%。虽然做试管是将胚胎移植到子宫内，但是由于输卵管趋化因子对胚胎的影响，胚胎也会游走到输卵管内，在输卵管内着床和发育造成一个异位妊娠。
试管婴儿也会出现宫外孕。虽然试管婴儿把胚胎移植在宫腔内，但是当子宫内膜容受性不好，不适合胚胎着床时，胚胎就会寻找适合着床的地方，可能就会往输卵管里走，出现输卵管妊娠。试管婴儿出现宫外孕的几率极低。
两侧输卵管都有过宫外孕做试管婴儿其实也是可以的。试管是在体外受精完之后，再放到子宫内进行发育，还是会有一些并发症出现的，也会有一个比较大的一个风险，所以要进行一个彻底的检查。
试管婴儿宫外孕是因为胚胎移植到宫腔内，可能会在宫腔游离一段时间才能找到合适的着床部位进行着床，如果在游离的过程中跑到了输卵管内，就有可能在输卵管处生长发育，形成宫外孕，但可能性是非常小的。
做试管婴儿也不是一定不会有宫外孕，做试管婴儿也有可能有宫外孕的现象，所以在做试管婴儿之前一定要注意自己身体的检查，身体符合条件以后再进行手术，但是试管婴儿成功率不是很高。