细菌性龟头炎和真菌性龟头炎的区别主要是由于龟头炎的感染源不同。细菌性龟头炎指龟头感染了细菌引起的局部炎症，而真菌性龟头炎指龟头感染了真菌引起的炎症。对于细菌性龟头炎，要进行分泌物培养，明确哪种细菌后进行抗感染治疗。对于真菌性龟头炎，最常见的为念珠菌感染，需对局部的龟头进行清洁处理。
龟头炎，细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常使用药物消毒，而真菌感染性龟头炎，使用外用药物消毒，并且性伴侣、脚癣都要进行治疗。
通常可以通过特征性表现、检查、试用药物等方式区分真菌和细菌性龟头炎，具体分析如下：真菌性龟头炎的典型症状是龟头冠状沟及阴茎包皮有白色乳酪样的分泌物，清洗干净后不久又会重新出现，最明显的症状就是阴茎头和阴茎皮肤奇痒灼热。鉴别真菌和细菌性龟头炎的金标准是通过观察龟头分泌物的涂片和细菌培养来判断最终培养出来的致病菌是细菌还是真菌。还可以用莫匹罗星软膏或红霉素软膏，通常情况下，由细菌引起的包皮炎3-7天后会有明显的好转，但真菌性包皮炎并不能缓解，反而会加重。
龟头炎肯定是必须区分为真菌性的与细菌性的，男性出现这类感染是获得性的或包皮过长等因素。男性感染应该是霉菌感染，细菌感染应该伴有尿路感染症状出现，平时注意个人卫生，勤换内裤。
细菌性龟头炎和真菌性龟头炎的区别主要是由于龟头炎的感染源不同。细菌性龟头炎指龟头感染了细菌引起的局部炎症，而真菌性龟头炎指龟头感染了真菌引起的炎症。
细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎。保持局部清洁卫生，如有包皮过长可在感染控制后手术治疗。