尿分叉的原因与尿道粘膜不光滑（如炎症、新生物）、尿道存在分泌物、尿道口不规则等因素有关，可以见于前列腺炎、前列腺增生，尿道炎、疤痕、尿道口异常等。所以引起了尿道尿液动力学发生了改变而导致尿分叉。
尿分叉是因为尿道阻力的增加导致，另外还有生理因素也会导致尿分叉，比如早起排尿时由于膀胱聚集大量尿液，排尿时尿道外口可能暂时闭合引起排尿分叉，这是一种正常的生理现象，不需要治疗，常见的男性患者就是前列腺炎、前列腺增生，由于前列腺炎导致的尿道水肿，可以引起尿道阻力增加，引起排尿分叉。
生理性尿分叉，主要是由于尿道或尿道开口处临时有阻塞，男性射精后因部分精液还残存在尿道中，海绵体充血尚未完全消失，导致尿流不畅。病理性尿分叉是经常的或长期的排尿分叉，很可能与一些疾病相关。长期尿分叉大多由于后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致尿液不能通畅排出。急性尿道炎、前列腺炎期间，由于尿道充血、肿胀、分泌物增多，可影响尿流的通畅而出现分叉现象。
一般在排尿的时候排尿一般是呈直线的，如果有尿道狭窄或者炎症，尿道充血的情况下，一般会出现尿不畅或者尿分叉的症状，而且泌尿系常见的疾病主要见于良性的前列腺增生，尿道狭窄泌尿系结核等均可引起尿分叉。
男人尿分叉主要是前列腺炎导致的。
前列腺炎一般由致病菌感染或某些非感染因素所引起的，前列腺炎通常以会阴部、腰骶部和腹股沟区疼痛为主述而就诊，主要表现为尿频尿急、尿痛、尿分叉、尿滴白、排尿困难、夜尿增多等，也可出现射精疼痛、血精或全身症状。建议患者按照医嘱使用氨苄西林胶囊、复方地西泮片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
男性尿分叉可能是前列腺疾病或肾病引起的。
尿分叉属于排尿困难一类。其发病机理是膀胱内尿液不断地从一个或几个管口排出而导致压力增高，引起神经反射出现间歇性痉挛性疼痛。可呈现小便有两股或三股或喷壶样。其发病机制主要是膀胱内压力增高引起尿液不能正常排出而产生的一种症状。常见病因为尿道结石，前列腺炎等、前列腺增生，前列腺充血等症状。在临床上还存在一些症状不明显或没有症状但尿动力学异常患者，如慢性肾盂肾炎、糖尿病肾病、肾功能不全以及高血压等疾病患者。需去医院做尿常规、泌尿系彩超相关的检查以确定原因。原因清楚，可用相应治疗药物治疗。