畸形精子症的病因有精索静脉曲张、前列腺炎，精囊炎，睾丸附睾炎症、先天性畸形、原发性睾丸功能衰竭、免疫因素、毒物接触、环境因素、局部高温等。需要进一步的检查明确病因，针对性的治疗，才有治疗效果。
精子缺乏营养，辐射，久坐，抽烟喝酒手淫都易造成精子畸形的，注意节制点，食补改善，吃生蚝，芝麻，坚果，核桃，瘦肉补充，配合饮食吃养精三宝改善两个月左右就正常了，要作息规律饮食科学。
精子畸形可以使用中药来进行调理一段时间，再定期进行复查，平时要多参加体育活动，多吃含有钙，锌等微量元素比较丰富的食物。精子畸形跟男性的体质、营养缺失、环境污染等有关系。常见的原因主要是男性体内缺乏微量元素锌和蛋白质等所导致的。
精子畸形主要是指精子的头部、中部与尾部等出现的形态变异情形，其中，头部畸形主要表现有巨大头、无定形、双头等；中部畸形有体部粗大、折裂、不完整等；尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。精子高畸形率出现的症状表现为正常形态的精子数明显少于50%。畸形精子超过70%时，应进行染色体检查。精液中有支原体、衣原体感染时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多建议正规医院看，效果会比较的好。
精子畸形指数高怀孕了可以做人流，引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染，附睾结核、精索静脉曲张等，这些病均可影响精子的质量，影响受孕。必须查清楚病根，针对性的治疗，中西医结合，自主研发的中药配方，微创手术等。