对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。手术治疗，抗生素治疗无效或直径3-5cm的脓肿应在B超引导下穿刺引流，直径较大的脓肿应考虑切开引流。
介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗。
肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。