手术方法治疗，包括细针穿刺抽液和开放手术，前者系在B超指引下用长穿刺针从皮肤刺入囊肿，吸出囊液。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；肾脏囊肿去顶减压手术，手术创伤小，另外，如果是不能耐受手术治疗的患者可以采用囊肿穿刺抽液治疗。
中医治疗，注重扶正固本，理气活血，标本兼顾，效果稳定，副作用少；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
肾脓肿采用以下方法治疗好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。肾脓肿的治疗需从三个方面考虑：第一个要尽量休息，纠正电解质的紊乱，加强营养支持治疗，第二个应该给予及时足量抗菌素的使用，第三个，脓腔比较大的情况下应该及时的引流；治疗的目的是把炎症控制住，减少肾实质的破坏，防止败血症的发生。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流脓液，引流的同时，再配合抗生素使用，可以加速脓肿的吸收；切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。