主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，外涂部分软膏保护创面，预防感染；后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射对症药物来抑制病毒复制，经规范治疗后，一般可以治好。注意治疗期间不要与配偶同房，以免传染。
肛门疣如果不治疗那绝对是不会在自己好的。该病的治疗一定要综合治疗联合用药，中西医结合标本兼治方能完全治好。建议中药外用，中医中药解湿毒、清热下火、活血化瘀、扶正祛邪软坚散结、培元固本、疏肝理气、内外结合调理，配合西药口服。只要你持之以恒坚持一定时间，就能治好。
轻微肛门疣要治疗需要具体的时间还是需要看自己的个人情况而定，不过期间的话还是要及时的采取治疗，平常的话，一定要做好个人卫生的护理，注意好休息和饮食，而且不要有不洁的性生活。
中药是主治跖疣的有效方法之一；不行才冷冻或激光跖疣。免疫力很差，要跑步锻炼身体，泡中药期间，可以跑步，不用担心，因为中药副作用小，没有损伤。所以这种方法对患有跖疣的治疗是可以跑步。
想检查肛管到肛肠专科做个肛门镜和肛门指检就可以了，肛门尖锐湿疣患病初起呈绒毛状，散在小乳头，在黏膜多为湿性湿疣，在外面多为干性湿疣。湿性疣呈淡粉红色，而干性疣则呈褐色或灰色。其生长较快，成倍增体增长，可生长为成簇的花瓣状疣体，其根部多细而孤立。可有瘙痒或稍微疼痛，阴道或肛门部有分泌物增加，略有臭味。